Petar II Petrović je, za svoje vladavine (1830-1851), nastavio sa uhodanim načinom vođenja administativnog poslovanja. On je uveo ''ishodjajšči žurnal'', knjigu u koju su unošene kopije zvanične državne prepiske. Pored ove knjige, još od 1837. godine, vodi se Protokol Senata sve do 1873. godine. Pominju se još i Protokol kriminalni i Knjiga umira.

Petar II Petrović Njegoš je 1834.godine naredio da se pretrese i razgleda Cetinjska arhiva. Tom prilikom je, po kazivanju narodnog sekretara Milakovića, probrao najvrednija dokumenta i zadržao ih na čuvanje kod sebe. Milakoviću je predao na čuvanje drugi dio te dokumentacije, dok je najmanje vrijedni dio Arhiva odložen, na isti način kao i do tada, u manastiru.

Isti ovaj događaj Milorad Medaković navodi kao ilustraciju za neshvatljivu nebrigu i propadanje arhiva, koje pripisuje Njegošu. Ove tvrdnje, koje je Medaković iznio u svojoj polemici sa Matijom Banom, u suprotnosti su sa činjenicama, a i nauka je razriješila ovo pitanje nepovoljno po njega. Međutim nameće se pitanje motiva za ovakve tvrdnje ''kada se zna kako je Medaković postupao prema arhivskoj građi, koja se čuva na Cetinju...'' Tu istu građu Medaković je koristio za svoju ''Povjesnicu crnogorsku'', deset godina poslije opisanog događaja. Poznato je da mu Njegoš, po Medakovićevom odlasku sa Cetinja, šalje dokumenta za pomenutu istoriju, sa najboljom namjerom da bude cjelovitija i na izvorima utemeljenja. On ta dokumenta nikad nije vratio. Ovakav Njegošev postupak potpuno je shvatljiv i opravdan ako pođemo od činjenice da je on sam izuzetno cijenio arhivska dokumenta kao izvor za nauku. Njegoševa bezrezervna spremnost da istraživaču stavi na uvid arhivsku građu, kako bi slika o Crnoj Gori bila što vjerodostojnija i pouzdanija, kako već rekosmo, u duhu je njegovog uvjerenja da su arhivska dokumenta prvorazredni izvor za istoriografiju. U predgovoru svog djela Šćepan Mali on afirmiše vrijednost arhivske građe u odnosu na narodno predanje. Njegoš je u još nekoliko navrata postupio na sličan način sa arhivskom građom ne sluteći da će ta dokumenta nepovratno nestati.

Tako je, ruskom dvorskom savjetniku Aleksandru Rojcu, koji je krajem maja 1832. godine boravio na Cetinju, dozvolio da odnese sve dokumente koje su izdali ,,.. srpski kraljevi i koji su se odnosili na Crnu Goru...''. Vuku Stefanoviću Karadžiću poklonio je u dva navrata, 1834. i 1841. godine, mnoge važne dokumente o Crnoj Gori.

Spomenuti primjeri, sami za sebe, nijesu dokaz da Njegoš nije čuvao arhivsku građu niti, pak, znao njen značaj; naprotiv čuvao je i prikupljao u skladu sa mogućnostima i u svakoj prilici, ali u nedostatku ustanovljenih pravila nije imao predrasuda prema načinu i uslovima njenog korišćenja. Bolje reći da je sa neskrivenim nestrpljenjem želio da se ona objavi i samo zbog toga je, bez ikakvih uslova omogućavao njeno odnošenje, da bi bila korišćena u naučne svrhe. Njegoš je, sa druge strane, bio potpuno svjestan da je izuzetno teško obezbijediti fizički integritet za svu arhivsku građu, u zaista složenim uslovima, pa je njegovo nestrpljenje i užurbanost, kako bi se ona objavljivala kad je to moguće, potpuno shvatljivo. Ako tome dodamo, da mu je bilo poznato da je objavljivanje dokumenata vid njihove zaštite, onda ne čudi što je pred svoju smrt, otpremio za Beogradsku biblioteku značajan dio dokumenata i starih rukopisnih knjiga vjerujući ''da će se onamo najvjernije čuvati i ondašnjem učenom društvu na nekom korist služiti''.

Ono što je značajno za period Petra II je da je, pored izuzetnog interesovanja za arhive i stara dokumenta, koje je i sam prikupljao u zemlji i inostranstvu, preselio 1838.godine u Biljardu svu staru arhivu iz manastira. Ovo je bitan momenat zbog toga što se radi o primjeru jedne specifične, autohtone, sekularizacije. Naime, poznato je da je tekovina francuske buržoaske revolucije i ''čovječije pravo na arhivalije'', ili pravo nauke na svoje izvore što znači da arhivi gube karakter, zatvorenog , tajnog, feudalnog sredstva za čuvanje dokumentacije posjeda i vlasti. U ovom slučaju značajano je to što duhovni poglavar čini prvi korak na putu ka prenošenju sačuvane arhivske dokumentacije u svjetovnu nadležnost i staranje.

Pored svega, može se konstatovati da je u Njegoševo doba relativno uspješno vođena briga o sređivanju i čuvanju arhivalija, tako da možemo prihvatiti mišljenje da je dokumentacija iz ovog perioda uspješno nadovezana na poredak arhivskog fonda Petra I, te da su to bile ustaljene konture na koje se nadovezalo i oslanjalo administrativno poslovanje u doba knjaza Danila. Najbolji dokaz za to je sačuvana znatna arhivska građa Crnogorskog senata, koja se dijelom nalazi u Državnom arhivu Crne Gore, dok je pretežan dio u arhivsko-bibliotečkom odjeljenju Narodnog muzeja Crne Gore.