Za vrijeme austro-ugarske okupacije Crne Gore (1916-1918), nastavlja se raznošenje arhivske građe i uopšte kulturne baštine Crne Gore.
Može se reći da je arhivska građa Državne arhive podijelila sudbinu Muzeja i Biblioteke, iako ne tako drastično. Teško je utvrditi koliko je građa Državne arhive stradala u ovom periodu, jer je njen posljeratni status (sve do kraja 1926. godine) bio puno lošiji nego za vrijeme austrougarske okupacije. Međutim ono što je sigurno, u svijetlu provjerljivih činjenica, da je arhivska građa pregledana i probirana za vrijeme okupacije.
Tako je Restitucionoj delegaciji pri Političkom predstavništvu FNRJ u Austriji, 8. oktobra 1948. Godine, nuđen na prodaju orginalni proglas o opštoj mobilizaciji crnogorske vojske, od 15. jula 1914. godine, od strane Andreasa Veitshbergera iz Beča. On je ovaj proglas, po sopstvenoj izjavi, kupio od austrougarskog kapetana V. Janžekovića. Kako je za vrijeme okupacije potpuno stradala i Biblioteka i Muzej , nema sumnje da je i dio vrednije građe odnešen. Poslijeratni status arhivske građe Državne arhive, koji je bio izuzetno loš i kada je ona najviše stradala, onemogućava bilo kom istraživaču, da valjano i precizno utvrdi štetu koja je nastala u periodu okupacije. Ipak, poznajući sudbinu Muzeja i Biblioteke, kao i primjere odnosa prema kulturnoj baštini, na sumnjamo da je arhivska građa otuđivana u raznim formama.
Činjenica da je Guvernerstvo smješteno, za vrijeme okupacije, u Vladinom Domu, gdje se nalazila i arhivska građa Državne arhive upućuje na zaključak da je ona bila lako dostupna za okupacijsku vlast. Sa druge strane, poznajući rad Državne arhive, kao i sadašnje stanje fondova crnogorskih ministarstava, čiji pretežan dio čine dokumenta koja su prva ili druga kopija, koncept ili prijepis, dok najveći dio pomoćnih fondovskih knjiga nije sačuvan (djelovodnici, razni protokoli, knjige primljene i poslate pošte i dr.) zaključujemo da je vršeno vrlo stručno probiranje, što je razlika u odnosu na poslijeratni manir, kada je veliki dio nepovratno stradao, prije svega zbog nečinjenja nadležnih po pitanju njene zaštite.