Prvi fondovi koji su od strane Državne arhive preuzeti od nadležnih Ministarstava bili su smješteni u Cetinjskom manastiru. Ovaj dio fondova Državne arhive nalazio se u Manastiru sve dok nije, po nalogu Komisije za popis i inventarisanje Arhive na čelu sa velikim županom Milovanom Džakovićem, prenešena iz Manastira u Dvor (1925). Ona je u Dvoru priključena spisima Državne arhive koje je neko, 1919. godine, prenio iz Vladinog Doma, gdje se nalazio najveći dio arhivskih fondova Državne arhive. Jedan dio fondova Državne arhive, nalazi se u Biljardi. Prilikom požara u Biljardi, u januaru 1906. godine, koji je zahvatio znatan dio arhive Velikog suda, stradao je i dio dokumentacije koji je pripadao Senatskoj arhivi.
Šteta koju je požar pričinio je bila vrlo velika, a kako se radi o trećem ili četvrtom požaru samo u Biljardi, nametnulo se pitanje i brižljivijeg čuvanja i održavanja zgrada u kojima je bila smještena većina državnih nadleštava. Što se tiče Arhiva, ovaj požar je bio razlog da Kralj Nikola veći dio Arhiva do 1860, prenese na čuvanje kod sebe u Dvor. Gore rečeno ilustruje koliko je problem smještaja bio značajan i koliko je uticao na sam rad Državne arhive. Ovaj problem je za dugi period uticao i na tempo i uslove preuzimanja arhivske građe u Državni arhiv. Tek izgradnjom Vladinog Doma obezbijeđeni su, kakvi takvi, prostorni, odnosno smještajni uslovi za čuvanje građe koja je nastajala radom Vlade, odnosno Ministarstava i koja je pripadala Državnoj arhivi. Činjenica je da, jedan dio arhivske građe, nastale radom Ministarstava, nije ni bio preuzet u Državnu arhivu zbog nezrelosti građe (rok dospijeća 10 godina), kao i zbog svoje operativnosti. Nemamo, takođe, ni svjedočanstava o novijim prijemima građe u formi ulaznog inventara ili primopredajnog zapisnika.
Ipak, ova građa je bila smještena, zajedno sa građom Državne arhive u prostorijama koje su se nalazile u potkrovlju Vladinog Doma gdje ih je zatekao početak I svjetskog rata. Kako vidimo arhivska građa koja je pripadala Državnoj arhivi nikada nije bila smještena zajedno, što ne znači da nije imala istovjetan tretman.
Ono što je bitno za rad Državne arhive je da, građa koju su sadržavali njeni fondovi, nije bila dostupna za korišćenje sem u operativne svrhe za potrebe nekog državnog organa.
Ipak korišćenje arhivske građe za publikovanje dopuštano je, od strane lično gospodara, i to iz onog dijela fondova koji se nalazio u Dvoru (arhivska građa do 1860. godine). Ovu građu koristili su za svoje radove i P.A. Lavrov, P.A. Rovinski, L.Tomanović i dr. Svi oni ističu bogatstvo arhivskih fondova koji se nalaze u Dvorskom arhivu. Činjenica je da je ovaj dio Arhive spadao i zvanično, još od financijalne reforme iz 1868. godine, u državnu svojinu, pa je morao biti smješten u Državnu arhivu. Međutim on je, kako rekosmo, preuzet u Dvor, i faktički tretiran kao dvorski arhiv, najvjerovatnije usljed gospodareve procjene njegove vrijednosti kao i zbog konfidencijalnog karaktera građe. Ovaj Arhiv imao je poseban status i bio je pod ličnim nadzorom Kralja Nikole.
Prilikom odlaska iz Crne Gore kralj Nikola je naredio da se spakuje, u plehom obložene sanduke, sva probrana značajnija crnogorska arhiva, kao i najvažnije istorijske dragocjenosti iz državne riznice. Sudbina ove građe je vrlo interesantna. Čamac sa Arhivom i dragocjenostima je u putu bio ometen od autrougarskog aeroplana, pa je bio vraćen u Skadar. Guverner Skadra, vojvoda Božo Petrović, vratio je sanduke u dvor na Kruševcu, gdje su bili pod nadzorom knjaza Mirka. Neposredno pred put u Beč radi liječenja, 1918. godine, arhiv je preko povjerljivih ljudi otpreman na Cetinje i u tajnosti zakopan u dvorištu kraljevog dvora. Kralj Nikola, za svog života, nije znao da je arhiv bio spašen, pa je neobično žalio gubitak te “pisane riznice časti i slave Crne Gore i kuće Petrović-Njegoš“.