Arhivsko odjeljenje Državnog muzeja omogućilo je da se spasi od propadanja značajna arhivska građa i predstavlja kolijevku savremenog Državnog arhiva, čiji su najznačajniji fondovi preuzeti iz ovog odjeljenja.
Vrijednost arhivske građe koja je bila smještena u Državnoj arhivi uočio je, odmah po otpočinjanju poslova na sređivanju, profesor Vuksan. U toj građi on je, 14. novembra našao četiri pisma Vladike Danila, oko 100 pisama Vladike Rada i preko 200 pisama Mitropolita Petra I. Nešto kasnije (16. i 25. novembra) u toj građi pronašao je i dvije Njegoševe nepoznate pjesme.
Dušan Vuksan je sam radio na sređivanju arhivske građe, čije je stanje nametalo apsolutni prioritet. On je ovom poslu pristupio vrlo ozbiljno i sistematično o čemu svjedoče njegovi izvještaji Ministarstvu prosvjete. Samo tokom novembra sredio je 116 dokumenata do epohe Petra I. Od početka Vlade Petra I pa do 1915. godine, sredio je 42.140. dokumenata .
Istorijska vrijednost arhivske građe koju su posjedovali fondovi preuzeti u Muzej nije promakla pažnji profesora Vuksana. Kod njega se rađa ideja o pokretanju časopisa koji je po njegovom predlogu trebao da nosi naslov “Arhiv za kulturnu i političku istoriju Crne Gore“, i trebao je početi sa izleženjem od 1. januara 1927. Međutim, časopis je počeo da izlazi u julu 1927. pod nazivom “Zapisi“. Zapisi su omogućili da se, po prvi put od strane jedne Arhivske ustanove u Crnoj Gori, započne sa objavljivanjem istorijske građe, tako da su Zapisi “saopštili obilje istorijskog materijala, dali dugi niz priloga proučavanju Crne Gore, razvili priličan interes za ta pitanja…“
Izuzetno je značajna uloga Arhivskog odjeljenja na sređivanju arhivske građe, kako bi se ostvarila potpuna zaštita i omogućilo korišćenje ove građe, za naučne potrebe. Već aprila 1927. g. profesor Vuksan traži od ministarstva odobrenje kako bi se arhivska građa mogla koristiti od strane naučnih radnika. Ministarstvo prosvjete je odobrilo Dušanu Vuksanu da može objavljivati dokumenta za kulturnu istoriju Crne Gore do 1878, dok za “politička dokumenta“ iz istog perioda mora tražiti naročito odobrenje od Ministarstva prosvjete. Znači i u ovom periodu arhivska građa je bila ograničeno dostupna za korišćenje.
Za vrijeme Drugog svjetskog rata, uprava muzeja uspijeva da sačuva arhivske fondove.